Il fulcro delle collezioni di Ferdinando era costituito dall’Armeria degli eroi.
Per la prima volta l’arciduca realizzò l’idea completamente nuova di un museo che raccogliesse e presentasse sistematicamente una collezione completa. Raccolse non solo armature, ma anche armi e ritratti di personaggi famosi del suo tempo e dei secoli precedenti. In questo modo voleva commemorare soprattutto le gesta straordinarie dei condottieri e sottolineare il ruolo storico di primo piano della dinastia asburgica.
La selezione degli eroi era basata su eccezionali successi militari e storici. Eventi come le guerre di Venezia, le Guerre dei contadini, la Battaglia di Pavia, l’assedio di Vienna, la Campagna di Tunisi, la Guerra di Schmalkalden, le guerre ottomane del 1556 e del 1566, la Battaglia di Lepanto del 1571 e la difesa della cristianità nell'Europa nord-orientale dovevano essere documentati dalle armature e dai ritratti dell’Armeria degli eroi.